長江水產研究所漁業資源與環境保護研究室有專職研究人員15名，其中研究員3人，副研究員1人，助理研究員11人，其中博士6人，碩士7人。

　　該研究室主要從事長江流域生態系統與漁業資源變動機制、漁業資源量可捕撈量及可持續管理技術、退化漁場生態系統重建與環境修復技術、濕地生態系統保護技術、漁業資源增殖、漁業生物多樣性保護與種質資源保存、退化水域生態系統重建與修復、漁業環境監測技術、水生態毒理學等領域的相關研究，以及過魚設施設計、漁業水域生態環境監測和水生態環境質量綜合評價、環境影響評價，漁業污染事故調查和鑒定等相關工作。

　　以研究室為主體，建立了農業部長江中上游漁業資源環境重點野外科學觀測試驗站(重慶)，農業部長江中上游漁業生態環境監測中心，長江中上游漁業資源監測站，中國水產科學研究院長江中上游漁業資源養護功能實驗室、中國水產科學研究院水工程漁業生態效應評估功能實驗室。

　　該研究室建立以來，承擔了科技部、農業部、國家自然科學基金、環境保護部、三峽總公司、水利部等部門的科研、調查和監測項目，在保護長江中上游漁業資源和環境、維護生態平衡，維持流域漁業可持續利用等方面做出了積極的貢獻。