達氏鱘(Acipenser dabryanus Duméril, 1868)是我國長江中上游特有魚類,受人類活動影響其資源極度衰退,被列為國家一級保護動物(1988),世界自然保護聯(lián)盟瀕危物種紅色名錄(IUCN 紅色名錄)極危(CR)物種(2010)。所幸達氏鱘人工保種取得成功,全人工繁殖已經(jīng)實現(xiàn),增殖放流成為達氏鱘資源修復(fù)的重要手段。然而,在達氏鱘的資源管理和種群保護中,種群的遺傳多樣性,系譜關(guān)系,遺傳結(jié)構(gòu)等遺傳學(xué)方面的研究相對薄弱。由于達氏鱘野生親魚數(shù)量有限,人工繁殖時尚未進行科學(xué)繁育搭配,多年累代養(yǎng)殖后可能出現(xiàn)不同程度的近親繁殖,從而導(dǎo)致達氏鱘保種群體遺傳結(jié)構(gòu)破壞,種質(zhì)退化。為減少近親繁殖導(dǎo)致的遺傳問題,保護這一瀕危物種不至于滅絕,迫切需要利用科學(xué)可靠的分子標記對達氏鱘養(yǎng)殖個體進行親子鑒定,進而有效指導(dǎo)達氏鱘規(guī)模化繁育和資源養(yǎng)護。
本研究以目前我國最大一批達氏鱘人工保種群體(來源于宜賓珍稀水陸生動物研究所和中國水產(chǎn)科學(xué)研究院長江水產(chǎn)研究所)為研究對象,應(yīng)用二代測序技術(shù)對達氏鱘基因組進行測序,共獲得26136個達氏鱘微衛(wèi)星序列,從這些序列中選取二、三、四堿基重復(fù)次數(shù)在10次及以上,五、六堿基重復(fù)6次及以上的微衛(wèi)星序列共180個,用軟件Primer Premier 5.0進行引物設(shè)計。以30尾人工繁殖個體和12尾野生個體的基因組DNA為模板進行PCR 擴增,經(jīng)過聚丙烯酰胺凝膠電泳和全自動毛細管電泳進行多次篩選,最終獲得11個具有高度多態(tài)性并且能穩(wěn)定遺傳的微衛(wèi)星位點,應(yīng)用相關(guān)的軟件進行統(tǒng)計分析后顯示:11個微衛(wèi)星的等位基因數(shù)為7-13,平均每個微衛(wèi)星位點的等位基因數(shù)為9.18,期望雜合度(He)為0.67~0.88(平均值為0.82),Shannon~Wiener多樣性指數(shù)(SW)為1.46~2.22(平均值為1.92),多態(tài)性信息含量PIC值為0.72~0.86(平均值為0.79)。