根據長江上游珍稀、特有魚類及保護區措施補償項目“水生生態環境監測（2008－2010年度）”工作安排，長江水產研究所項目組于2008-2010年在長江上游珍稀特有魚類保護區開展了珍稀特有魚類、重要經濟魚類、魚類早期資源及漁業環境監測，在相關單位和部門的全力配合下，共計投入人力334人次，圓滿地完成了野外監測工作。

　　按照合同規定及水域實際情況，在保護區及相關水域設立珍稀魚類監測站點10個、特有魚類監測重點站5個，早期資源監測斷面3個，漁業水質監測站點18個。監測中共收集珍稀魚類189尾，其中達氏鱘27尾，胭脂魚152尾，未捕撈到白鱘；共采集到特有魚類41種，11628尾，其中金沙江采集到23種（永善至水富江段18種，攀枝花至巧家江段16種），長江干流采集到20種，赤水河采集到28種；保護區重要經濟魚類主要為圓口銅魚、瓦氏黃顙魚、鯉、鲇、蛇鮈、長鰭吻鮈、長吻鮠、長薄鰍等，占保護區漁獲總量的60%以上。保護區赤水斷面魚類繁殖規模為5.8×108ind.（2008年）；江津斷面魚類繁殖規模分別為64.9×108ind（2008年）、26.8×108ind（2009年）和32.4×108ind（2010年）；水富斷面魚類繁殖規模為5.84×108 ind，巧家斷面魚類繁殖規模6.86×108 ind（2008年）；宜賓斷面魚類繁殖規模為4.90×108 ind，攀枝花斷面魚類繁殖規模3.41×108 ind（2010年）；監測期間保護區水域水質總體良好，基本能滿足魚類生長和繁殖等需求，超標污染物有總氮、總磷、石油類；保護區監測水域共檢出浮游植物8門112屬554種，浮游動物119屬276種；監測期間保護區水域無重大漁業污染事件發生。項目組通過收集相關數據及資料，整理匯編了各年年度報告及2008-2010年技術報告，取得了預期成果。